Фамилия Недолужко — украинская по происхождению, и её основа — внутрисемейное прозвище Недолужка. Оно образовано от прилагательного «недолугий», что значит «слабый в работе», «хворый», «вялый». Казалось бы, обидное прозвище, но смысл у него был прямо противоположный.

Скорее всего, Недолужка относится к так называемым «охранительным» именованиям, то есть оберегам. На Руси существовал обычай: чтобы уберечь ребёнка от злых сил, ему давали имя с отрицательным значением. Родители надеялись, что, назвав сына Недолужкой, они отведут от него болезни, а на деле мальчик вырастет сильным и здоровым. Злые духи, по поверьям, не позарятся на того, кто и так «недолугий».

Чередование согласных г/ж в корне — результат исторических изменений в языке, поэтому «недолугий» и превратилось в «Недолужку». Позже прозвище, которое сначала прикреплялось к наследственному имени, полностью вытеснило его и из повседневной жизни, и из официальных документов. Суффикс -ко закрепил за фамилией украинскую огласовку, типичную для имён и прозвищ, ставших фамилиями в левобережной и степной Украине.