Фамилия Недотопа — редкий случай, когда прозвище не превратилось в привычную форму на -ов или -ин, а закрепилось в документах почти в исходном виде. Такие «голые» фамилии (без суффикса) чаще встречаются на Украине и в Белоруссии, но и в русских говорах, особенно южных и западных, они не редкость. Недотопа — это прозвище, образованное от глагола «дотопать» с отрицательной частицей «не».

Смысл прозвища раскрывается через прямое значение: «недотопа» — человек, который не дотопал, то есть не дошёл, не добрался до места. В переносном смысле так могли назвать медлительного, неповоротливого или просто нерасторопного человека. В русских диалектах слово «топать» означало не только «идти пешком», но и «спешить», «торопиться». Соответственно, «недотопа» — тот, кто не поспевает, отстаёт. В отличие от более распространённых фамилий с тем же корнем (Недотопов, Недотопин), форма Недотопа напрямую сохранила именование человека по его характерному качеству.

Возможна и вторая, менее очевидная версия: прозвище могло возникнуть в среде охотников или рыболовов. «Топать» иногда употреблялось в значении «выслеживать», «идти по следу» (ср. «натопать» — найти). Тогда «недотопа» — неудачливый следопыт, который не может выследить зверя или рыбу. Эта гипотеза правдоподобна, если учесть, что многие фамилии с отрицанием «не-» (Недобор, Недоспасов) фиксировали профессиональные неудачи или особенности поведения.

Суффикса нет, фамилия стоит в чистой основе. Ударение, скорее всего, на второй слог: Недотопа́. Встречается фамилия преимущественно в южнорусских и украинских регионах, изредка — в Сибири, куда переселенцы принесли её в XIX веке. Носители фамилии не принадлежали к какому-то одному сословию: прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину, и казаку. В документах XVIII–XIX веков форма Недотопа фиксируется как самостоятельная фамилия, а не как усечённый вариант от Недотопов.