Основой фамилии Неганова послужило мирское имя Неган. Мирское имя Неган, скорее всего, восходит к старинному глаголу «неговать», то есть «нежить», «баловать», «холить», «лелеять». Возможно, имя Неган дали горячо любимому ребёнку, которого родители хотели окружить большой заботой. Согласно другой версии, именование Неган представляло собой прозвище, которое получил мягкосердечный, радушный, ласковый либо же любящий покой, все удобства и услады или неприспособленный к жизни (то есть изнеженный) человек. Не исключено также, что фамилия Неганова имеет тюркское происхождение. Так, Неган может представлять собой искажённое арабское имя Нигам, которое переводится как «счастье, богатство». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Неган, со временем получил фамилию Неганова.