Фамилия Негодниченко сразу привлекает внимание яркой, почти бранной основой. Но не спешите делать выводы: в русских и украинских фамилиях прозвища с корнем «негод-» не обязательно указывали на дурного человека. Слово «негодяй» в древнерусском языке значило «негодный к военной службе», «неспособный к работе» — так могли назвать больного, увечного или просто непригодного для ратного дела парня. Со временем значение сместилось в моральную плоскость, но фамилия застыла в старом, бытовом смысле.

Суффикс «-енко» — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». В XVI–XVII веках на Левобережной Украине и в Слобожанщине фамилии на «-енко» стали массово закрепляться за казаками и крестьянами. Негодниченко — это буквально «сын Негодника», где Негодник — личное прозвище отца. Форма с двойным суффиксом («-нич-» + «-енко») встречается реже, чем просто «Негоденко» или «Негодников», но именно она точнее передаёт украинскую словообразовательную модель: от основы «негодник» через добавление «-енко».

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Харьковской. В России она редка и почти всегда указывает на украинские корни рода. Любопытно, что в дореволюционных переписях фамилия могла записываться с «ять» или через «и» — «Негодиченко», что отражает местные говоры.

В отличие от фамилий вроде Негодяев, где основа уже стала ругательством, Негодниченко сохранила архаичный оттенок: прозвище могло закрепиться за человеком, который «не годился» в солдаты из-за болезни или слабого здоровья. В казацкой среде, где служба была главным делом жизни, такое прозвище не было оскорблением — скорее констатацией факта.