Фамилия Некрутюк — редкий пример украинской фамилии, где основа восходит к польскому или западноукраинскому слову «некрут». В польском языке «niekrut» означало нечто скрученное, перевёрнутое или упрямое, а в украинских говорах так могли называть человека с трудным, несговорчивым характером. Суффикс -юк типичен для западных регионов Украины, особенно для Волыни и Подолья: он указывает на потомка или принадлежность к роду. Таким образом, Некрутюк — это «сын Некрута» или «человек из рода Некрутов».

Исходное прозвище Некрут могло закрепиться за человеком, которого считали строптивым, не желающим подчиняться. Вторая, менее распространённая версия, связывает основу с диалектным «некрут» как обозначением вихря или закрученного предмета — тогда прозвище могло относиться к человеку с необычной внешностью, например, с вихром или кривой осанкой. Однако первая версия правдоподобнее: в славянской ономастике прозвища по характеру встречаются чаще, чем по случайным предметам.

Географически фамилия Некрутюк почти не выходит за пределы Украины, встречаясь в основном в Хмельницкой, Ровенской и Тернопольской областях. Это говорит о том, что фамилия сформировалась и закрепилась в относительно небольшом ареале, не распространившись широко ни в России, ни в Беларуси. В дореволюционных переписях такие фамилии могли записывать по-разному: Некрутюк, Некрутюк, а иногда и Некрутчук — из-за нестабильности украинской орфографии в официальных документах.

Сословная принадлежность предков Некрутюков, скорее всего, была крестьянской или казацкой: западноукраинские земли долго входили в состав Речи Посполитой, где фамилии на -юк носили в основном свободные крестьяне и мелкая шляхта, а не дворянство. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что неудивительно для локального рода.