Фамилия Немчанинов — редкий пример того, как русская фамилия, вопреки ожиданиям, может вести родословную не от этнического прозвища, а от названия конкретного города. В её основе лежит прозвище Немчанин, а вот его происхождение допускает две версии, и обе имеют право на жизнь.

Первая, более экзотическая, отсылает к польскому городу Немча в Нижнесилезском воеводстве, в Дзержонювском повяте. Если следовать этой логике, Немчанином называли жителя этого города, а фамилия, соответственно, указывала бы на географическое происхождение предка. Однако такая трактовка уязвима: Немча — городок небольшой, и вряд ли от него образовалось бы устойчивое прозвище, распространившееся в русской среде.

Гораздо правдоподобнее выглядит вторая версия, связанная со словом «немча». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля оно трактуется как «немец, немка, а местами и доныне в народе, не говорящий по-русски, всякий иностранец с запада, европеец; в частности же, германец». Важно понимать, что в допетровской Руси «немцами» звали не только жителей Германии, но вообще всех европейцев, чья речь была для русского уха «немой», непонятной. При этом сам этноним «немец» закрепился именно за германцами уже позже, начиная с Петровской эпохи.

Исходя из этого, Немчанином могли прозвать не только иностранца, но и русского человека, который перенял какую-либо западную привычку — в манере одеваться, поведении или внешнем виде. Такое прозвище было скорее насмешливым, чем уважительным: оно выделяло человека, который «выламывался» из общего уклада, подражая иноземцам.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: прозвище Немчанин (по аналогии с «крестьянин», «мещанин») дало притяжательное прилагательное «Немчанинов», то есть «сын Немчанина». Суффикс -ов в данном случае указывает на прямое родство, а сама фамилия закрепилась за потомком первого носителя прозвища. Это типичный пример русской патронимической фамилии, возникшей в среде крестьянства и посадских людей, где прозвища были главным способом различать однофамильцев до введения обязательных фамилий.