Фамилия Немертов — один из тех случаев, когда кажущаяся простота обманчива. На первый взгляд она похожа на «отрицательную» фамилию (вроде Некрасов или Негодяев), но с глаголом «мереть» (умирать) и приставкой «не-» её связывать не стоит. Основа здесь — не древнерусское слово, а, скорее всего, каноническое имя Немерт, которое могло быть народной формой крестильного имени. В православных святцах нет святого с таким именем, но в русской ономастике известен случай, когда редкое имя, образованное от греческого или латинского корня, в быту сокращалось и переосмысливалось. Самая вероятная версия: Немерт — это вариант имени Немезий (от греч. Немесида, богиня возмездия) или же трансформация имени Немер (редкого, но фиксируемого в старых документах). В любом случае, суффикс «-ов» указывает на стандартную модель русской фамилии: «чей?» — Немертов, то есть сын Немерта.

Интересно, что фамилия Немертов практически не встречается в центральных губерниях России, зато устойчиво фиксируется на Русском Севере и в Сибири. Это характерно для поздних фамилий, которые закрепились за крестьянами и мещанами в XIX веке, когда церковные имена уже утратили связь с оригиналом. Человек по прозвищу Немерт мог быть либо носителем редкого имени, полученного при крещении, либо — по второй версии — потомком того, кого в шутку или с уважением называли «немертвым» (то есть живучим, крепким). Однако эта версия менее вероятна: в русских говорах слово «немерт» не зафиксировано как прозвище, в отличие от того же «Некрас» или «Нелюб».

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что не имеет параллелей с распространёнными «негативными» фамилиями. У неё нет пары типа «Мертвый — Мертвов» или «Мертвяк — Мертвяков». Это говорит о том, что основа Немерт была для носителей чем-то конкретным, а не описательным. Скорее всего, предки нынешних Немертовых были государственными или монастырскими крестьянами, получившими фамилию по имени своего родоначальника, записанного в ревизских сказках как Немерт. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия остаётся редкой, с концентрацией в Пермском крае и Томской области — там, куда в XVII–XVIII веках переселялись северные крестьяне.