Фамилия Ненашкин принадлежит к древнему пласту русских фамилий, образованных от мирских, то есть нецерковных, имён. В её основе лежит имя Ненашка, которое давали ребёнку не при крещении, а в быту, с вполне конкретной практической целью — уберечь его от нечистой силы. Логика была проста: если бесы ищут дитя по имени, то пусть думают, что в семье появился чужой, «ненаш» ребёнок. Существовал даже обряд: отец или дед выносил больного младенца из избы, а через некоторое время вносил обратно, называя его не прежним именем, а Ненашкой, — мол, это уже другой ребёнок, и бесы отступятся.

Слово «ненаш» в древнерусском языке означало «чужой», «не свой», «посторонний». В костромских говорах, впрочем, у слова было и более мрачное значение: там Ненашкой называли нечистого, недруга, лукавого, беса. Но, несмотря на такую двойственность, имя оставалось очень популярным в крестьянской среде, поскольку вера в его охранительную силу была сильнее страха перед нехорошим смыслом.

Суффикс -кин в фамилии указывает на притяжательную форму: Ненашкин буквально означает «сын Ненашки», «ребёнок Ненашки». Такая модель образования типична для северных и центральных русских земель, где имена на -ка, -шка легко превращались в фамилии на -ин/-кин.

Исторические документы подтверждают, что имя Ненаш и его производные бытовали в XVI–XVII веках. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает рязанских помещиков: Ненаша Михайловича Запольского (1584 год) и Ненаша Федоровича Любавского (1597 год). В Белёве в 1627 году фиксируется крестьянин Ненашев Киприан. Эти записи показывают, что имя встречалось и в служилой среде, и среди крестьян, а значит, фамилия Ненашкин не имеет узко сословной привязки.

Интересно, что от того же корня образовались и другие фамилии — Ненашев, Ненашов. Ненашкин отличается от них именно уменьшительной формой основы: Ненашка вместо Ненаш. Это делает фамилию более «домашней», ласкательной по происхождению. Если предки носителя фамилии жили в Костромской губернии или в землях к северу от Москвы, вероятность именно такого звучания имени была выше, чем на юге, где чаще использовали краткую форму Ненаш.