Фамилия Ненькина — женская форма, а её основа, мужская фамилия Ненькин, образована по одной из самых распространённых моделей русского языка: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Ненька.

Разбираем корень: Ненька. В говорах центральной и северной России «неня» или «ненька» — это ласковое обращение к матери, кормилице, иногда к няне. В некоторых диалектах «неней» называли вообще старшую родственницу или женщину, которая нянчит детей. Таким образом, Ненькой могли прозвать самого ребёнка, который был особенно привязан к матери, или же мужчину, который занимался «бабьей» работой — нянчился с малышами, пока жена работала в поле. В крестьянской среде такое прозвище давали не в укор, а скорее по характерной черте поведения или по обстоятельствам жизни (например, если мальчик рос без матери и его воспитывала нянька).

Есть и вторая, менее очевидная версия. В южнорусских и украинских говорах «ненька» — это форма имени Анисья (просторечное Ненила, Неня). В таком случае Ненькин — это «сын Неньки», то есть потомок женщины с этим именем. Однако для фамилий на -ин более типична основа мужского прозвища, а не женского имени, поэтому версия с прозвищем по роду занятий или по характеру выглядит правдоподобнее.

Фамилия Ненькин — редкая. Если посмотреть на географию, она встречается в основном в центральных областях России (Тверская, Ярославская, Костромская губернии), где диалектное слово «неня» было в ходу. Встречаются также варианты с другим суффиксом — Неньков, но он образован уже по модели -ов, что характерно для фамилий на основе твёрдых согласных (Ненько, Ненёк). Наличие двух форм — Ненькин и Неньков — говорит о том, что прозвище было распространённым, но в разных регионах его закрепили по-разному.

Сословная принадлежность предков Ненькиных, скорее всего, крестьянская. Фамилии на -ин в большинстве своём — это фамилии крестьян и посадских людей, особенно в северных и центральных уездах. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Так что, если вы Ненькина, ваши предки, вероятнее всего, были крестьянами, а прозвище родоначальника связано с заботой о детях или с ласковым обращением к матери.