Фамилия Неняев — редкий случай, где на поверхность выходит не очевидный корень, а целый пласт диалектной лексики. В отличие от большинства фамилий на -ев, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, Петр — Петров), основа Неняй почти наверняка связана не с каноническим, а с мирским именем или прозвищем.

Самый вероятный источник — диалектный глагол «ненять», который в ряде русских говоров (особенно северных и сибирских) означал «не понимать», «не догадываться», «не сметь». Прозвище Неняй могли дать человеку нерасторопному, медлительному или, наоборот, простодушному, который «не нял» (не понимал) происходящего. В словаре Владимира Даля встречается форма «неня» — несмышлёныш, недотёпа. Таким образом, фамилия Неняев — это «сын Неняя», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским именем Неняй (от «нен» — бабушка, старшая родственница). Но для русской фамилии такая основа нетипична, и в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) подобные случаи обычно относят к славянским прозвищным моделям. К тому же суффикс -ев однозначно указывает на русскую словообразовательную норму.

Географически фамилия Неняев встречается крайне редко. Основные очаги — Вологодская и Кировская области, а также Забайкалье, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне с Русского Севера. Это косвенно подтверждает «северную» версию происхождения от диалектного глагола.

Таким образом, предки современных Неняевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а их фамилия — не книжное изобретение, а меткое народное прозвище, закреплённое за родом. В отличие от распространённых фамилий на -ов, Неняев почти не имеет омонимов, что делает её надёжным маркером семейной истории.