Фамилия Непина — женская форма фамилии Непин, а та образована от прозвища Непа. В основе, скорее всего, лежит древнерусское слово «непъ» — «сом» или «налим». В некоторых говорах так называли и крупную рыбу вообще. Прозвище Непа могли дать рыбаку, торговцу рыбой или человеку с чем-то похожим на усатого сома — например, с большими усами или медлительному, «сонному» на вид.

Модель образования простая и типичная для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность. Непин — «сын Непы», «человек из рода Непы». Такие фамилии чаще всего встречались в новгородских и вятских землях, где рыболовство было одним из основных промыслов. Впрочем, возможна и другая, менее вероятная версия: прозвище могло быть связано с отрицанием «не» — например, Непой называли упрямого или нелюдимого человека, который «не по нраву» окружающим. Но первая версия, с рыбой, выглядит правдоподобнее: она опирается на живую диалектную лексику, зафиксированную в словарях.

Фамилия редкая. Встречается в Пермском крае, в Кировской области и на Урале — именно там, куда в XVII–XVIII веках переселялись выходцы с Русского Севера. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами и мещанами. Среди известных людей с этой фамилией в открытых источниках данных нет, что только подтверждает её локальный, «нестоличный» характер.