Фамилия Непова — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив отрицательную частицу «не». В русской ономастике такие примеры единичны, и каждое имя подобного типа стоит рассматривать отдельно, не подгоняя под общие шаблоны.

С точки зрения словообразования, это классическая «материнская» фамилия на -ова. Она образована от женского прозвища Непа, Непова. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: буквально «дочь (или жена) Непы». Но здесь есть нюанс: в отличие от фамилий от мужских имен (Иванов, Петров), где -ов — стандартный патронимический суффикс, в женских прозвищах он встречается реже и часто указывает на то, что женщина была главой семьи или носила прозвище самостоятельно.

Само прозвище Непа — сокращенная форма от более полного выражения. Скорее всего, оно происходит от глагольной конструкции «не пахать», «не пасть» или «не падать». В северных и сибирских говорах «непа» могло означать человека, который не пашет землю (например, ремесленника или торговца), либо, напротив, того, кто «не падает» — стойкого, упрямого. Есть и другая версия: в рязанских и тульских диалектах «непа» — это тот, кто не пьет (не пьющий, трезвенник), от «не пить». Правдоподобнее выглядит версия с земледелием: в крестьянской среде прозвище «Непа» могли дать человеку, который по каким-то причинам не обрабатывал землю — был, например, отходником или имел другое занятие.

Фамилия географически привязана к центральной России. Основные очаги встречаются в Тверской, Ярославской и Вологодской областях. В этих местах фамилия фиксируется в метрических книгах с конца XVIII века. В Вологодчине, кстати, есть деревня Непово — вероятно, названная по фамилии первых поселенцев.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается — она слишком редкая и локальная. Это не ошибка, а показатель того, что фамилия бытовала в узком ареале и не попала в общерусские справочники. Известных носителей с такой фамилией в истории не зафиксировано — это фамилия простых крестьян и мещан, не оставивших следа в официальных биографиях.

Сравните с однокоренными фамилиями: Непейвода (от «не пей воду»), Непогода (от «непогода»), Несмеянов (от «несмеяна»). Все они построены по той же модели — отрицание + основа, и все указывают на прозвище, данное по характерной черте или обстоятельству. Непова стоит в этом ряду, но с поправкой на женскую форму происхождения.