Фамилия Непогодова образована от прозвища или мирского имени Непогода. В древнерусской традиции имя, данное при рождении, нередко выполняло роль оберега: называя ребёнка Ненастьем, Дурнем или Непогодой, родители надеялись, что злые силы обойдут его стороной, а судьба, наоборот, окажется ясной и доброй. В этом смысле Непогода — типичное охранительное имя, каких в старину было множество.

По другой, более приземлённой версии, прозвище Непогода могли дать человеку с угрюмым, неприветливым нравом, «хмурому», как пасмурный день. В говорах слово «непогода» имело и переносное значение — так говорили о неудачливом, невезучем человеке. Кто из этих двух вариантов ближе к истине, сказать трудно: оба правдоподобны и могли сосуществовать в разных семьях.

Фамилия построена по самой распространённой в русском языке модели: к основе на твёрдый согласный прибавили суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женский род. То есть Непогодова — это «дочь (или жена) Непогодова», а в мужском варианте фамилия звучит как Непогодов. Такая схема типична для основной массы русских фамилий, образованных от прозвищ и имён.

Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда»: носители есть и в центральных областях России, и на Урале, и в Сибири. Это говорит о том, что прозвище возникало в разных местах независимо, а не распространилось из одного рода.

Интересно, что у фамилии Непогодов есть «родственник» — фамилия Погодин. Она образована от того же корня, но с противоположным значением: Погода — «хорошая погода», «удача». Оба прозвища — из одного семантического поля, но служили разным целям: одно оберегало, другое — задабривало судьбу.