Фамилия Непогодин происходит от прозвища Непогода, которое давали человеку, родившемуся в дождь или снег. Слово «непогода» в старину означало «дурная погода, ненастье», и такое имя-оберег могло защитить ребёнка от превратностей судьбы: считалось, что если назвать дитя «плохой погодой», то настоящие жизненные бури обойдут его стороной. Позже прозвище закрепилось за родом, и потомки того человека стали писаться Непогодиными.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе «Непогод» добавили суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на согласный, форма на -ин характерна для основ на -а/-я, поэтому «Непогодин» звучит как «сын Непогоды». Это один из древнейших пластов русских фамилий, который сложился ещё в XVI–XVII веках, когда прозвища только начинали превращаться в наследственные именования.

Историк С. Б. Веселовский в своих трудах по ономастике упоминает носителей этого прозвища в XVI веке: Непогодей Неплюев, служилый человек, 1565 год, Казань, и Непогодье Иванович Чуркин, 1578 год, Арзамас. Оба примера показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от служилых людей до крестьянства, и было распространено в центральных и поволжских землях. Кстати, форма «Непогодей» — это не ошибка, а диалектный вариант с другим суффиксом, что говорит о живом бытовании слова в народной речи.

В народной культуре непогода часто осмыслялась как нечто враждебное, но вместе с тем необходимое. Сохранились пословицы: «Видя непогодь, непочто в челн», «Видючи непогодь, непочто за реку» — они напоминают, что дождь и ветер были для наших предков не просто метеорологическим явлением, а частью жизненного уклада, с которым приходилось считаться. Поэтому прозвище Непогода могло нести и оттенок иронии: так могли назвать капризного, ворчливого человека, который «портит погоду» в доме.

Есть и менее вероятная версия, что фамилия связана с церковным именем, но она не находит подтверждения: в святцах нет имени, которое созвучно «непогоде». Скорее всего, перед нами чисто мирское прозвище, каких было множество в допетровской Руси, когда людей окружали не только ангелы-хранители, но и вполне земные «Непогоды», «Ненастья» и «Ветры».