Фамилия Непройкин — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а его смысл читается сразу. В отличие от многих фамилий, где корень затемнён или требует разбора по частям, здесь глагол «пройти» с отрицательной частицей «не» образует яркое, почти сюжетное прозвище. Непрокой, Непроход, Непройда — в русских говорах так могли назвать человека, которого трудно было пройти, обойти стороной, переубедить. Скорее всего, речь шла о характере: упрямый, неуступчивый, «непробиваемый» спорщик. В некоторых диалектах «непройда» означала также хитрого, изворотливого человека, который сам никуда не пройдёт, но и его не проведёшь.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на гласный (Непройк-) прибавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от основ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а, -я. Здесь же основа оканчивается на -й, что для этой модели нестандартно, но встречается в фамилиях вроде Незнайкин, Неумойкин. Форма «Непройка» — это уменьшительно-пренебрежительное или обиходное произношение прозвища Непройда, где конечное -да отпало, а корень приобрёл более простой звуковой облик. В документах XVII–XVIII веков встречаются прозвища Непройда, Непройденный, и фамилия Непройкин могла возникнуть именно от такого варианта.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — центральные и южнорусские области, где диалектная лексика богата подобными отрицательными прозвищами. В переписных книгах и ревизских сказках XIX века носители фамилии фиксировались в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Социальный состав — преимущественно крестьяне и однодворцы, что подтверждает бытовое, а не книжное происхождение прозвища. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «непройка» могло означать не только человека, но и вещь — например, непроходимый участок леса или болота. Если прозвище дали по месту жительства, то Непройкиным могли назвать того, кто жил в глухом, непроходимом месте. Однако эта версия менее вероятна: прозвища по месту чаще образовывались с суффиксами -ский или -ов, а -ин в таких случаях редок. Так что характер — наиболее надёжное объяснение.