Фамилия Непройкина — женская форма мужской фамилии Непройкин. Её основа — прозвище Непойка или Непойко, которое в XVI–XVII веках давали человеку, который не пил хмельного или пил очень мало. В крестьянской среде, где пьянство было распространённым пороком, трезвенник выделялся настолько, что получал соответствующее уличное прозвище, закреплявшееся затем за его потомками.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Петя — Петин, Кузьма — Кузьмин). Но в фамилии Непойкин произошло наращение -к- (Непойка → Непойкин), что типично для уменьшительных или пренебрежительных форм личных имён и прозвищ. Подобный переход встречается, например, в фамилиях Непейвода (от «не пей воду») или Неупокоев (от «не упокой»). Таким образом, Непойкин буквально означает «сын (или потомок) Непойки», то есть трезвенника.

Написание с буквой «р» в корне — результат поздней народной этимологии. Когда первоначальный смысл прозвища стёрся, носители фамилии переосмыслили её как «не пройдёшь» или «не проходимец», добавив «р» по аналогии с глаголом «пройти». В документах XIX века встречаются варианты Непойкин и Непройкин, что подтверждает колебание в произношении и записи. В современном варианте закрепилась форма с «р», хотя этимологически верной была бы Непойкин.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским регионам, где были сильны старообрядческие общины, строго относившиеся к употреблению алкоголя. В среде староверов прозвище Непойка могло быть не просто бытовым, а почтительным, указывающим на благочестивый образ жизни. Встречается фамилия и у коренных жителей Пензенской, Тамбовской и Саратовской областей.

Сословная принадлежность носителей — почти исключительно крестьянская. В ревизских сказках и метрических книгах Непойкины числятся государственными или помещичьими крестьянами, редко — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: прозвище, указывающее на личное качество простолюдина, вряд ли могло стать основой для родового имени знати.