Фамилия Несин в большинстве случаев ведет начало от мужского крестильного имени Нестор. В переводе с греческого оно означает «вернувшийся домой», и в народной среде это имя быстро обросло уменьшительными формами. Одна из них — Неся — и легла в основу фамилии. Покровителей у имени Нестор несколько: преподобный Нестор-летописец, автор «Повести временных лет», живший в Киево-Печерском монастыре; священномученик Нестор, епископ Магидийский, распятый на кресте в Пергаме во время гонений императора Деция; и святой мученик Нестор, который в 306 году с благословения Димитрия Солунского поборол на поединке языческого бойца, убивавшего христиан, и был за это казнен.

Модель образования проста: к основе Нес- добавили типичный для русских фамилий суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально Несин — это «сын Неси», то есть потомок человека, которого в быту звали ласково Неся. Такая словообразовательная схема характерна для фамилий, возникших из обиходных имен, и встречается сплошь и рядом: Петин от Петя, Васин от Вася, Несин от Неся.

Существует и другая, менее распространенная гипотеза, которая выводит фамилию не из имени, а из прозвища. В украинском языке есть слово «несить» — так говорили о человеке, которого трудно накормить, насытить, о том, кто всегда голоден или не удовлетворяется ничем достигнутым. Если следовать этой версии, прозвище Неся могли дать либо бережливому и прижимистому хозяину, либо, напротив, человеку с отменным аппетитом. Впрочем, эта версия выглядит вторичной: имя Нестор было широко распространено на Руси, и его производная форма встречается в документах гораздо чаще, чем прозвище, связанное с аппетитом. К тому же украинское «несить» — слово диалектное и локальное, тогда как имя Неся известно по всей территории расселения восточных славян.

Интересно, что фамилия Несин не единственная, образованная от этой основы. Родственные ей — Нестеров (от полной формы имени), Нестеренко (украинский патроним), Несенко, Несонов. Но именно форма Несин сохранила самую короткую, разговорную ветвь имени, ту, что звучала в повседневной речи, а не в церковных записях. Это делает фамилию своеобразным маркером народной традиции имянаречения: родители звали сына Нестором при крещении, а дома он всю жизнь оставался просто Несей.

Географически фамилия встречается повсеместно, но чаще — в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что согласуется с обеими версиями происхождения: и имя, и диалектное слово там были в ходу. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но по модели образования можно предположить, что фамилия возникла в крестьянской или мещанской среде не позднее XVII века, когда патронимические прозвища начали закрепляться за семьями.