Фамилия Несина чаще всего восходит к мужскому крестильному имени Нестор, которое в переводе с греческого означает «вернувшийся домой». В основу фамилии легла его производная, уменьшительная форма — Неся. Такая модель словообразования типична для русских фамилий: от разговорного варианта имени через притяжательный суффикс -ин образовывалось обозначение потомка («чей?» — Несин сын), которое затем закрепилось как фамилия. Святыми покровителями этого имени считаются сразу несколько раннехристианских мучеников: преподобный Нестор Летописец, Печерский; священномученик Нестор, епископ Магидийский, распятый в Пергаме во время правления императора Деция; и святой мученик Нестор, который с благословения святого Димитрия Солунского поборол на поединке языческого бойца, убивавшего христиан, за что и был казнен в 306 году.

Скорее всего, основатель рода Несиных был человеком из простого сословия: форма Неся — народная, обиходная, ее использовали в повседневном общении, а не в церковной записи. Это косвенно указывает на крестьянское или посадское происхождение предков.

Существует и другая гипотеза, менее распространенная, но имеющая право на жизнь. Согласно ей, фамилия Несина образована не от имени, а от прозвища Неся, которое восходит к украинскому нарицательному «несить» — «человек, которого трудно накормить, насытить; всегда голодный», а в переносном смысле — «не удовлетворяющийся ничем достигнутым». Если следовать этой версии, прозвище могло характеризовать либо бережливого и прижимистого хозяина, либо, наоборот, человека с отменным аппетитом. Однако первая версия — от имени Нестор — выглядит правдоподобнее: она опирается на широко распространенную традицию образования русских фамилий от уменьшительных форм крестильных имен, тогда как прозвищная версия требует допущения о заимствовании из украинского наречия, что для центральных русских областей менее типично. В любом случае, потомок человека по имени или прозвищу Неся со временем получил фамилию Несина.