Фамилия Нездомин — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, которые обычно ускользают при беглом взгляде. Главная загадка кроется в корне: «нездом» — это не «нездоровый» и не «нездешний». Перед нами, скорее всего, прозвище, образованное от глагола «здо́мить» (или «здо́нуть»), который в русских говорах означал «сдвинуть с места, столкнуть, опрокинуть». Приставка «не-» придаёт значение отрицания: «нездо́ма» — человек, которого не сдвинуть, упрямый, непоколебимый, или же, в ироничном смысле, неуклюжий, которого самого трудно с места сдвинуть.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сын Нездомы. Это типичная патронимическая модель для северных и центральных областей России. В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще встречались на юге, «-ин» закреплялся за основами на -а, -я. Таким образом, Нездомин буквально означает «потомок того, кого звали Нездома».

Важно не путать эту фамилию с более распространённой Нездолин (от «недоля» — несчастье). Корень «здом» — редкий и диалектный, поэтому фамилия почти не встречается за пределами узкого ареала. По косвенным данным, её можно связать с Вологодчиной или Архангельской областью, где слово «здо́мить» фиксировалось этнографами. Предок-носитель прозвища мог быть крестьянином или ремесленником, известным своим упрямством или физической крепостью — тем, кого «не здо́мишь» с места ни уговорами, ни силой.

В написании фамилии возможна путаница: в старых документах её могли записать как Нездомин или Низдомин (через «и» из-за акающего произношения). Однако исходная форма с «е» этимологически верна, так как приставка «не-» здесь отрицательная, а не соединительная гласная. Других версий происхождения, кроме прозвищной, для этой фамилии не существует — она не могла возникнуть от имени или названия профессии, так как в русском ономастиконе нет имени «Нездома» и ремесла «нездомщик».