Фамилия Ниченко — характерный пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс означает 'маленький, сын, потомок', то есть исходно Ниченко — 'сын или потомок Ники'. Такая форма указывает, что фамилия сложилась в среде украинского крестьянства и казачества, где массово образовывали фамилии по имени отца.

Основа фамилии — сокращённая форма имени Ника. В православных святцах это мужское имя Ника (от греческого 'победа'), но в быту оно встречалось редко. Чаще всего Ничей, Никой, Ником в народе звали обладателя полного имени Никита или Никифор. То есть Ниченко — это 'внук или сын Ники', а сам Ника — домашнее прозвище для Никиты. В некоторых говорах Ничей могли называть и человека с именем Николай, но это менее вероятно: для Николая типичнее форма Никольченко или Никуленко.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность конкретному лицу ('чей?' — Никин, Никитин), украинские фамилии на -енко подчёркивали родство по прямой линии ('чей сын?'). Поэтому Ниченко — фамилия не сословная, а родовая. Её носители в XVII–XVIII веках — это преимущественно крестьяне и казаки Черниговщины, Полтавщины, Киевщины. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в этих же регионах, что говорит об устойчивости модели.

Встречается также написание Нищенко — с буквой 'щ' вместо 'ч'. Это не ошибка, а диалектное произношение: в некоторых украинских говорах [ч] перед [е] смягчалось до [шч]. Оба варианта — однокоренные, но Ниченко — более частотная форма, закрепившаяся в официальных документах.

Ударение в фамилии — на первый слог: Нúченко. Это отличает её от созвучных фамилий с ударением на второй слог (например, Ничéнко, если образовано от прозвища Нич, но такие формы единичны).