Фамилия Ничукина — женская форма фамилии Ничукин, и её происхождение уходит корнями в древнерусские прозвища. В основе лежит слово «ничука» или «ничук», которое в диалектах означало «тихий, смирный человек» или, наоборот, «замкнутый, нелюдимый». Вероятнее всего, прозвище давали человеку спокойного нрава, который не лез в чужие дела и не шумел. В некоторых говорах «ничука» могло быть ироничным прозвищем для того, кто постоянно твердит «ничуть» — то есть отрицает что-либо или упрямится.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ничукин — «сын Ничуки». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия довольно редкая, встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектная лексика сохранилась лучше. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян с прозвищем Ничук, что подтверждает древность корня.

Интересно, что фамилия Ничукин не имеет отношения к украинским или белорусским аналогам (как Ничук или Ничукеня) — это исконно великорусское образование. Встречается также вариант написания с одной «к» — Ничукин, но форма Ничукина с удвоенной «к» встречается реже и может быть результатом поздней орфографической путаницы. Социально предки Ничукиных были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, поскольку фамилия не указывает на принадлежность к дворянскому сословию.