Фамилия Нидекер — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, а её корень явно нерусский. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого происхождения, адаптированная кириллицей. В основе лежит немецкое «Nied(e)ker» или сложное слово с первой частью «nieder» — «нижний» или «низкий». Вторая часть может восходить к «-ker» (сокращение от «Kerl» — парень, человек) или к «-acker» — «поле, пашня». То есть Нидекер — это «нижний житель», «живущий в низине» или «владелец нижнего поля». Такие прозвища давали по месту жительства: у подножия холма, в низине у реки.

Фамилия могла попасть в Россию вместе с переселенцами из немецких княжеств в XVIII–XIX веках. Немцев приглашали осваивать Поволжье, Новороссию, позже — заселять Сибирь. В метрических книгах лютеранских приходов и списках колонистов фамилия Нидекер встречается, но не массово. Её носители чаще были ремесленниками, мелкими торговцами или крестьянами. В отличие от дворянских фамилий немецкого происхождения (например, фон Розен), Нидекер — фамилия простого сословия, без приставки «фон».

Словообразовательно фамилия не получила русского суффикса, что говорит о поздней фиксации в письменных источниках: её записали так, как слышали, без адаптации. Встречаются варианты написания: Нидекер, Нидеккер, Нидэкер. Двойная «к» в некоторых документах — попытка передать немецкое произношение. Если искать однокоренные фамилии в русском контексте, их нет: это изолированный случай, не связанный с местными прозвищами.

Сегодня фамилия Нидекер остаётся крайне редкой. По данным открытых телефонных справочников, её носители живут в основном в крупных городах России, а также в Казахстане и Германии — следствие миграций XX века. Точных сведений о знаменитых представителях фамилии нет, что неудивительно: это не аристократический род, а фамилия, сохранившаяся в нескольких семьях.