Фамилия Никенина — редкий случай, когда очевидная на первый взгляд основа оказывается ловушкой. Кажется, что корень здесь «Никен-», и тогда фамилию можно связать с именем Николай через его просторечную форму Никена. Но в русской ономастике эта версия почти не работает: уменьшительные от Николая — Коля, Ника, Николаша, а форма Никена нетипична для восточнославянской традиции.

Гораздо убедительнее другая модель. Фамилия Никенина почти наверняка женская форма от Никенин, а та образована от прозвища Никеня. В основе — глагол «никать» (никнуть), то есть опускаться, сгибаться, падать духом. В северных и сибирских говорах «никеня» могли называть человека вялого, унылого, либо, наоборот, того, кто постоянно кланяется, работает согнувшись — например, земледельца или рыбака, тянущего сети. Суффикс -ин- указывает на принадлежность: «сын Никени» или «из рода Никениных».

Есть и альтернативное объяснение, хотя и менее вероятное. Фамилия могла возникнуть от финно-угорского корня, если предки жили на Северо-Западе: в карельском языке «nikeni» означает «согнутый, пригнутый». В таком случае прозвище описывало не характер, а физическую особенность или осанку.

Географически фамилия Никенина встречается точечно — в Вологодской, Архангельской областях и в Карелии, что как раз подтверждает версию о северных говорах или прибалтийско-финском влиянии. Сословного барьера у фамилии не было: Никенины могли быть и крестьянами, и мещанами, но в дворянские родословные книги эта фамилия не попала.

Таким образом, предки носителей фамилии Никенина — люди, получившие прозвище за манеру держаться (согбенно, покорно) или за работу, требующую постоянных наклонов. Фамилия честная, бытовая, без претензий на знатность, но с крепкой диалектной основой.