Фамилия Нихотина — женская форма, а её мужской вариант, Нихотин, образован по самой распространённой в русском языке модели: от основы на твердый согласный плюс суффикс -ин. Это значит, что в основе лежит прозвище или мирское имя, оканчивавшееся на -ота, которое дали предку. В данном случае — Нихота.

Ключ к разгадке — в приставке Не-, которая со временем превратилась в Ни- под влиянием акающего произношения или народной этимологии. В старых документах фамилия могла писаться как Нехотин, и это меняет всё. Основа «хот» в русских говорах означала желание, охоту, волю. «Нехотя» — значит против воли, неохотно. Прозвище Нехотя давали либо медлительному, флегматичному человеку, которого приходилось долго уговаривать, либо, напротив, тому, кто делал всё через силу, с ленцой. В словаре Владимира Даля «нехоть» — это ещё и нежелание, отвращение.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах «нихота» могла быть искажением слова «негота» — то есть бедность, нужда, отсутствие достатка. Тогда прозвище Нихота (Негота) закреплялось за небогатым крестьянином. Однако первая версия — от глагола «хотеть» с отрицанием — более органична для живой речи и встречается среди однокоренных фамилий (Нехотеев, Нехотяев).

Географически фамилия Нихотины встречается нечасто, но имеет явную привязку к центральным и южным регионам России, где аканье было нормой. В дореволюционных метрических книгах можно найти Нехотиных, которые позже стали Нихотиными — это обычная история для фамилий, записанных со слуха. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и мещане, никакого дворянского или духовного происхождения у этой фамилии не прослеживается.

Таким образом, носитель фамилии Нихотин (или Нихотина) может считать своим предком человека, которого в деревне прозвали Нехотя — за неспешный нрав или постоянное нежелание браться за дело. Прозвище не было оскорбительным, скорее бытовым, описательным — таких в русских сёлах было много.