Фамилия Никичена — редкий пример фамилии, образованной не по самой распространённой в русском языке модели. В основе лежит имя Никита, но суффикс указывает на необычное происхождение.

Большинство русских фамилий на -ин образуются от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: Никита → Никитин, Илья → Ильин. Форма Никичена встречается в основном у потомков, чьи предки не были великороссами, а происходили из украинских или белорусских земель. В украинской и белорусской традиции от имени Никита фамилию могли образовать с суффиксом -енко (Никитенко), а также с помощью мягкого суффикса -еня, который в документах XIX века нередко записывали как -ена. Таким образом, Никичена — это скорее всего русифицированный вариант фамилии Никитеня, где -ена закрепилось в написании как окончание женского рода (по аналогии с «жена Никиты»), хотя на деле фамилия передавалась по мужской линии.

Вторая возможная версия — фамилия могла возникнуть в среде однодворцев или казачества, где в переписях иногда фиксировали прозвища в форме родительного падежа: «Никичена» как «(сын) Никиты». Но эта гипотеза слабее, потому что для такого способа словообразования в русском языке характерен суффикс -ин, а не -ена.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским регионам и востоку Украины. Встречается она редко, и это делает её ценной для генеалогии: по одной только форме записи можно с высокой вероятностью определить, что предки носителя жили на границе русских и украинских земель, где смешивались языковые традиции. Если искать корни фамилии, стоит обратить внимание на метрические книги Черниговской, Полтавской или Курской губерний — там подобные фамилии фиксировались чаще, чем в центральной России.