Фамилия Никитена — редкий случай, когда фамилия образована не от канонического имени Никита, а от его просторечной, «окающей» формы Никитен. В русской ономастике это почти всегда указывает на происхождение из регионов с акающим говором (южнорусские, среднерусские говоры) или, что вероятнее, на украинское или белорусское влияние.

Модель образования здесь нестандартна. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Никитин (притяжательное от Никита) или Никитенко (украинский патроним). Форма Никитена с окончанием -а в именительном падеже — это типичная украинская или белорусская фамилия, застывшая в родительном падеже множественного числа (от «Никитен» — «из рода Никит»). По сути, это аналог русской фамилии Никитиных, но оформленный по южнорусской или западнорусской модели.

Основа — имя Никита (от греч. «победитель»), но в народной речи оно часто звучало как Никитен. Подтверждение этому — множество исторических записей XVII–XVIII веков, где крестьян и казаков записывали не по святцам, а на слух: «Никитен сын», «Никитенко». Фамилия Никитена могла закрепиться за потомками человека, которого в документах именовали Никитен (как уменьшительно-бытовой вариант). В пользу этого говорит и то, что фамилии на -а (Королёва, Гончара, Шевченка) в старых реестрах Войска Запорожского встречаются постоянно.

Встречается фамилия преимущественно на юге России (Белгородская, Воронежская, Ростовская области), а также в восточной Украине. В центральных и северных областях России она нетипична — там бытовала бы форма Никитин. Если предки носителя фамилии были крестьянами или казаками, то, скорее всего, они происходили из Слобожанщины или Черниговщины, где подобные фамилии были массовыми.

В написании Никитена (а не Никитина) нет ошибки — это сознательное сохранение диалектной формы, которую в XIX веке могли записать в метрику именно так, как произносили. С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что сохранила архаичный суффикс -ен- (как в фамилиях Гребёнка, Плетеня), который в русском языке почти вытеснен суффиксами -ов/-ев.