Фамилия Никишкин образована от крестильного мужского имени Никита, точнее – от его производной уменьшительно-ласкательной формы Никишка. Само имя пришло в русский язык из греческого языка и означает “победитель”. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никишка, со временем получил фамилию Никишкин.