Фамилия Никишкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Никишкин послужило церковное имя Никита. Фамилия Никишкин образована от крестильного мужского имени Никита, точнее – от его производной уменьшительно-ласкательной формы Никишка. Само имя пришло в русский язык из греческого языка и означает “победитель”. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никишка, со временем получил фамилию Никишкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Никишкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Никишкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.