Фамилия Никишкова — женская форма фамилии Никишков, и её основа не так проста, как кажется на первый взгляд. На слух она напоминает множество русских фамилий, образованных от имени Никита, но здесь работает другая модель. Если бы фамилия происходила напрямую от Никиты, мы бы скорее увидели варианты Никитин или Никитов. Никишков же указывает на иную, уменьшительную или прозвищную форму.

Корень здесь — Никиш. Это могло быть сокращённым обиходным именем от того же Никиты (через форму Никиша, по аналогии с Миша от Михаил или Паша от Павел). Однако есть и вторая, более редкая версия: в южнорусских и украинских говорах «никиш» или «никыш» могло означать «тихоня», «незаметный человек» — от глагола «никнуть» (пригибаться, прятаться). В этом случае фамилия отталкивается не от крестильного имени, а от прозвища по характеру.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий: он указывал на принадлежность («чей сын?» — Никишков). То есть Никишков — буквально «сын Никиша», будь то человек по имени Никиша или по прозвищу Никиш. Важно, что фамилия закрепилась с «к» перед суффиксом, что говорит о полной форме исходного прозвища: не Ниш, а именно Никиш.

По географии фамилия Никишков (и Никишкова) встречается в центральных областях России, особенно в Курской, Орловской и Тульской губерниях. Там же распространены однокоренные фамилии Никишин, Никишев, что подтверждает: основа была живой и популярной в разговорной среде. Социально носителями, скорее всего, были крестьяне или мещане — фамилия не дворянская, не искусственная, а бытовая, возникшая естественным путём в деревенской среде.

Таким образом, Никишкова — это фамилия, которая прячет за собой либо ласковое домашнее имя, либо меткое прозвище неприметного человека. В любом случае, она рассказывает о предке, которого в обиходе звали коротко и по-свойски — Никиш.