Фамилия Никишкина — классический пример русской «патронимической» фамилии, то есть образованной от имени предка. В основе лежит крестильное имя Никита, а точнее — его просторечная, уменьшительно-ласкательная форма Никишка. Именно так в быту, в семье или в деревне могли звать человека по имени Никита. Получается, что фамилия отвечает на вопрос «чей ты?» — сын или дочь Никишки, потомок человека, которого в обиходе звали Никишкой.

Имя Никита пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. В переводе оно означает «победитель». В народной среде это имя было очень популярно, поэтому и производных форм от него возникло множество: Никитин, Никитский, Никишин, Никешин, Микитин. Фамилия Никишкин (и женская форма Никишкина) стоит в этом ряду особняком — она сохранила именно ту форму имени, которая звучала в живой разговорной речи, а не в церковных святцах.

Покровителем имени считается преподобный Никита Исповедник, живший в Византии в VIII–IX веках. Он был настоятелем монастыря Мидикийского и пострадал за почитание икон в период иконоборчества. На Руси этого святого почитали широко, а память о нём закрепляла имя в крестьянском обиходе. Однако в фамилии отразилась не церковная, а бытовая традиция именования.

Судя по модели образования, фамилия Никишкина относится к пласту фамилий, которые массово складывались в среде крестьянства и посадских людей в XVI–XVII веках. В отличие от дворянских родов, где фамилии часто закреплялись за землевладениями или службой, здесь мы видим простой и прозрачный путь: человека звали Никишка, его детей в документах записывали как «Никишкины дети», а позже это прозвание закрепилось за всем родом. Поэтому основатель рода Никишкиных, скорее всего, был выходцем из рабочей или крестьянской среды — именно там такие формы имени были нормой.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: он присоединялся к основам, оканчивающимся на согласный или на «-а». Форма Никишка как раз подходит под это правило, поэтому фамилия звучит естественно и органично для русского уха. Мужская форма — Никишкин, женская — Никишкина. В документах XIX века встречаются оба варианта написания, но они обозначают одну и ту же родовую принадлежность.

Интересно, что фамилия Никишкина не получила такого широкого распространения, как, например, Никитин. Это объясняется тем, что форма Никишка была более «домашней», неофициальной. В переписях и ревизских сказках чаще фиксировали полное имя, а уменьшительное оставалось в устном обиходе. Поэтому фамилия Никишкин встречается реже и сохраняет отпечаток той среды, где её дали, — простой, рабочей, близкой к земле и ремеслу.