Фамилия Никишков напрямую связана с именем Никита, но не с самим каноническим именем, а с его домашней, обиходной формой — Никиша. Так в старину родители могли ласково звать сына, и это уменьшительное имя закреплялось за человеком в быту, в кругу семьи и соседей. Отчество от такой формы и дало начало фамилии: сначала сына Никиши звали Никишковым, то есть «сыном Никиши», а позже это прозвание закрепилось за его потомками уже как наследственная фамилия.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная. К основе Никиш- последовательно добавились два суффикса: сначала уменьшительный -к-, который и превратил Никиту в Никишу, а затем притяжательный -ов, указывающий на принадлежность. Получилась форма Никишков, где конечное сочетание -ков читается как единый фамильный суффикс, хотя на деле он составной. Такая двойная суффиксация — не редкость для русских фамилий, она часто встречается у имен с уменьшительными формами на -ша: скажем, от Миша образованы Мишков и Мишаков, от Гриша — Гришков.

Интересно, что фамилия Никишков бытует параллельно с более простой формой Никишов. Обе они образованы от одного и того же имени Никиша, но вторая — напрямую, без промежуточного суффикса. Разница в написании отражает, по сути, разные этапы закрепления прозвища: где-то отчество застыло в раннем виде, а где-то успело обрасти дополнительным элементом. Обе фамилии встречаются в русских говорах, но Никишков географически тяготеет скорее к южным и центральным регионам, тогда как Никишов шире распространён на севере и в Поволжье.

Что касается происхождения самого имени Никита, оно греческое и переводится как «победитель». В христианской традиции это имя носили несколько святых, в том числе Никита Готский, почитаемый на Руси как воин-мученик. Однако для фамилии важно не столько значение имени, сколько его популярность в народной среде: Никита было одним из самых употребительных имён в XVI–XVII веках, поэтому и производных от него фамилий в русском языке много — от Никитина до Никитникова, и Никишков занимает здесь свою законную нишу.

Отдельно стоит сказать, что фамилия Никишков не имеет отношения к слову «нищий» или «нищета», как иногда можно предположить по созвучию. Корень здесь чисто именной, и никакого социального подтекста в нём нет. Предки носителей этой фамилии — обычные крестьяне, посадские люди или служилые, чьи имена просто зафиксировали письменные источники в виде отчеств. Точных сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, что типично для фамилий такого типа: они принадлежали простым людям и не попали в биографические справочники.