Основой фамилии Никишаев послужило мирское имя Никиша. Фамилия Никишаев образована от крестильного мужского имени Никита, точнее – от его производной уменьшительно-ласкательной формы Никиша. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никиша, со временем получил фамилию Никишаев.