Фамилия Никишанин — редкий пример того, как одно и то же имя может дать несколько разных по звучанию и модели фамилий. В основе, скорее всего, лежит крестильное имя Никита (от греческого «победитель»), но путь от имени до фамилии здесь не прямой, а через уменьшительно-ласкательную форму Никиша. Так в быту называли сына или младшего родственника Никиты, того, кого в семье звали Никишей.

Главная особенность Никишанина — суффикс -анин. Это не типичная для русских фамилий модель. Чаще встречаются фамилии на -ин (Никишин — «чей?» — сын Никиши). Форма на -анин встречается в двух случаях: либо это указание на принадлежность к определённой местности или общине (как в фамилиях Ростовцев, Москвин), либо, что вероятнее, это более архаичный вариант притяжательного прилагательного, образованного по той же модели, что и «крестьянин» (от «крест»). Таким образом, Никишанин могло означать «человек из рода Никиши», «принадлежащий Никише».

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с прозвищем Никиша, которое могло возникнуть вне связи с именем Никита. В некоторых говорах «никшей» или «никшой» называли хилого, болезненного человека (от диалектного «никнуть» — чахнуть, увядать). Тогда Никишанин — потомок человека, носившего такое прозвище. Однако эта гипотеза слабее: имя Никита было настолько популярно, что объяснение через него всегда правдоподобнее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где сохранялись старые модели словообразования. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваш предок — Никишанин, это сужает круг поиска до конкретной волости или даже деревни, где такая форма прижилась. Сравните с однокоренными Никишиным и Никитиным — они распространены повсеместно, а Никишанин остался локальным вариантом.