Фамилия Никишанина напрямую связана с именем Никита, но не с самим каноническим именем, а с его домашней, уменьшительно-ласкательной формой — Никишан. Так в быту могли звать мальчика или взрослого мужчину в семье, где имя Никита было распространено. Покровителем этого имени считается преподобный Никита Исповедник, что добавляло имени весомости в церковной среде.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Никишан- добавляется притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. То есть Никишанина буквально означает «дочь или жена Никишана». Для женщин форма с окончанием -а закрепилась как неизменяемая фамилия, хотя исторически она возникла как форма женского рода от мужской фамилии Никишанин.

Скорее всего, основатель рода Никишаниных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. На это указывает сама модель образования: такие фамилии на -ин чаще всего возникали в среде простых людей, где отчество или прозвище отца легко переходило на детей без дополнительных дворянских приставок. В документах XVII–XIX веков подобные фамилии встречались в основном среди крепостных крестьян, мещан и мастеровых людей.

Интересная деталь: форма Никишан — редкая даже для своего времени. Чаще использовались уменьшительные Никиша, Никитка, Никитушка. Поэтому фамилия Никишанина сохранила более архаичный, «домашний» вариант имени, который не прижился в официальных документах, но остался в семейном обиходе и закрепился как родовое имя.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Никишин, Никитин и Никитский встречаются заметно чаще. Никишанина же выделяется своей редкостью, что может говорить о локальном происхождении рода — возможно, предки жили в одном селе или волости, где эта форма имени была привычной.

Сегодня фамилия Никишанина не имеет ярко выраженной географической привязки, но по встречаемости её можно отнести к северным и центральным регионам России, где традиционно были сильны крестьянские роды с фамилиями на -ин.

Таким образом, потомок человека по имени Никишан со временем получил фамилию Никишанина, и в ней застыла память о том, как ласково звали основателя рода в его собственной семье.