Фамилия Никишанова — женская форма фамилии Никишанов. Её основа — редкое календарное имя Никишан, которое, в свою очередь, образовано от крестильного имени Никита (греч. nikao — «побеждать»). В русской народной среде имя Никита давало десятки уменьшительных и производных форм: Никиша, Никишка, Никишан, Ника, Микита и так далее. Форма Никишан — это не просто усечение, а экспрессивный вариант с суффиксом -ан-, который в древнерусской антропонимии придавал имени оттенок ласкательности или, наоборот, фамильярности (сравните: Иван — Ивашан, Пётр — Петрушан).

Главная особенность словообразования здесь — суффикс -ов- в мужской основе. Фамилия Никишанов (а значит, и Никишанова) построена по стандартной патронимической модели «чей?»: Никишан → Никишанов сын → Никишанов. То есть предок носительницы фамилии был сыном человека по имени Никишан. Такие фамилии массово возникали в XV–XVII веках, особенно в среде служилых людей и крестьян северных и центральных уездов России.

Географически фамилия Никишанов (и её женская форма) не относится к числу широко распространённых. Она встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской области, Татарстане. Это указывает на возможную миграцию предков из центральных областей на восток в эпоху освоения земель после Смутного времени. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) форма Никишан не выделяется отдельно, но вписывается в обширную группу производных от Никиты.

Стоит отметить, что в некоторых говорах фамилия могла закрепиться и от прозвища Никишан, данного не по имени, а по поведению (от глагола «никитать» — в рязанских и тамбовских говорах означало «шалить, проказничать»). Однако эта версия менее вероятна: подавляющее большинство фамилий на -ов/-ев образовано именно от крестильных имён, а не от редких диалектных глаголов. Так что корни Никишановых — в имени Никита, которое в народной форме Никишан стало родовым именем.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Никитин, Никишев, Никишин, — то Никишанов стоит особняком: суффикс -ан- делает её более редкой и «старомосковской» по звучанию, напоминающей о той эпохе, когда имена в быту дробились на множество ласковых вариантов.