Фамилия Никишанов образована от крестильного мужского имени Никита, точнее – от его производной уменьшительно-ласкательной формы Никишан. Покровителем этого имени читался преподобный Никита Исповедник. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никишан, со временем получил фамилию Никишанов.