Фамилия Никишаев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Никишаев послужило мирское имя Никиша. Фамилия Никишаев образована от крестильного мужского имени Никита, точнее – от его производной уменьшительно-ласкательной формы Никиша. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никиша, со временем получил фамилию Никишаев. О точном месте и времени возникновения фамилии Никишаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Никишаев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.