Фамилия Никишаева образована от мужского имени Никишай. Это разговорная, обиходная форма канонического имени Никита, которое в переводе с греческого означает «победитель». Уменьшительные варианты вроде Никиша, Никишай, Микиша были широко распространены в крестьянской и купеческой среде в XV–XVII веках: полное имя в быту использовали редко, а от прозвищной или домашней формы и пошла фамилия.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й: Никишай → Никишаев. Женский вариант Никишаева — форма родительного падежа: «дочь (или жена) Никишаева», то есть принадлежащая роду Никишаевых. Фамилия закрепилась в центральных и южнорусских губерниях, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской областях, где имя Никита традиционно было одним из самых популярных.

Обратите внимание: в некоторых говорах фамилия могла произноситься с ударением на второй слог — Никишаева, а в других на третий — Никишаева. В письменных источниках XVIII–XIX веков встречаются варианты Никишаевъ и даже Микишаев, что отражает местное аканье и смягчение начального «н». Известных исторических деятелей с этой фамилией в энциклопедиях не значится, но по переписям XIX века Никишаевы числились преимущественно государственными крестьянами и мещанами, реже — купцами третьей гильдии.

Редкость фамилии в том, что её основа — не стандартное Никишин или Никитин, а именно Никишай, где суффикс -ай типичен для древнерусских уменьшительных имён (ср. Михай, Иванай). Такая модель образования говорит о глубокой народной традиции: предка звали не просто Никита, а ласково Никишай, и это прозвище передалось потомкам как родовое имя.