Фамилия Никишатов напрямую связана с географией Вятского края и Прикамья. Наиболее вероятная версия происхождения — от названия деревни Никишата, которая существовала в Афанасьевском районе Кировской области, а также одноименного поселения в Верещагинском районе Пермского края. Такой тип фамилий — топонимический: он указывает не на род занятий или личное качество предка, а на его малую родину.

В основе названия деревни лежит имя Никиша — просторечная, обиходная форма крестильного имени Никита. В переводе с древнегреческого оно означает «победитель». Имя было широко распространено на Руси, поэтому неудивительно, что оно дало жизнь множеству уменьшительных форм: Никиша, Никитка, Никша. Деревня, скорее всего, получила название по имени своего первого жителя или основателя — некоего Никиши. Соответственно, его потомки, перебравшиеся в другие места или приписанные к другим общинам, получали прозвание «Никишаты» — «дети и родня Никиши», а затем и фамилию Никишатовы.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ат- в основе указывает на собирательность или принадлежность к группе (сравните с фамилиями типа Литвяков, Костяков), а финальное -ов — стандартный русский патронимический суффикс, закрепивший фамилию за родом. Важно, что эта модель отличается от дворянских топонимических фамилий на -ский/-цкий (например, Волконский или Трубецкой), которые указывали на владение землей. Фамилии на -ов, -ин, -их и подобные, как в нашем случае, исторически принадлежали крестьянам, мещанам и служилым людям — то есть податным сословиям. Поэтому можно уверенно говорить: предки Никишатовых были не владельцами деревни, а её жителями, крестьянами, чья фамилия просто фиксировала место их происхождения.

Интересно, что обе деревни с названием Никишата находятся в зоне активного расселения русских на Вятке и Урале. В Афанасьевском районе Кировской области и соседнем Верещагинском районе Пермского края в XVII–XIX веках шло активное освоение земель, и названия починков и деревень часто давались по имени первопоселенца. Так что фамилия Никишатов — это не случайный набор звуков, а застывшая история конкретного человека по имени Никиша, который когда-то поднял целину и основал хозяйство, давшее начало целому роду.