Фамилия Никишатов, скорее всего, образована от названия деревни Никишата, расположенной в Афанасьевском районе Кировской области, или одноименной деревни в Верещагинском районе Пермского края. В основе же топонима, вероятно, лежит имя Никиша, которое является производной формой крестильного мужского имени Никита. В переводе с древнегреческого оно означает «победитель». Можно предположить, что деревня получила свое название по имени ее первого жителя. Таким образом, вполне вероятно, что основатель рода Никишатовых родился и жил в одном из этих населенных пунктов. Поскольку топонимические фамилии содержали указание не только на принадлежность к конкретной семье, но и на отношение к определенному географическому объекту, то изначально они представляли собой прилагательные с различными формантами: фамилии на – ский /-цкий и –анинов /-янинов принадлежат в основном знати и дворянству; фамилии на –итов /-ичев, -инов, -цев, - яков /-аков, - ников, -ин, -ов, -их /-ых - представителям всех остальных сословий.