Фамилия Никитухины принадлежит к распространённому на Русском Севере и в Сибири типу «полуотчеств» на -их, -ых. Такие фамилии фиксировали принадлежность ко двору или роду: Никитухины — буквально «те, кто из семьи Никитухи». В отличие от более привычных фамилий на -ов/-ев, которые отвечали на вопрос «чей?» (чей сын? Никитин), форма на -их отвечала на вопрос «чьи вы?» и была характерна для семейных прозвищ в северных и вятских говорах.

В основе фамилии лежит просторечная форма канонического имени Никита — Никитуха. Имя Никита (греч. niketas — «победитель») в русской традиции давало множество производных: Никитка, Никитушка, Никиша, Никитуха. Суффикс -ух- в разговорной речи придавал имени оттенок фамильярности или ласкательности. Таким образом, Никитухой в семье могли называть конкретного человека — вероятно, главу рода или его сына, от которого и пошло прозвище «Никитухины дети».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где форма на -их была нормой: Архангельская, Вологодская, Кировская области, а также Зауралье. В переписях XVII–XVIII веков такие фамилии нередко писали без изменения по падежам («пришли Никитухины»), что сохранилось и в современном бытовании. Сословной привязки у фамилии нет: Никитухины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, и казаками — имя Никита было очень популярным во всех слоях общества.

Интересная особенность: фамилия Никитухин (в единственном числе мужского рода) встречается реже, чем форма множественного числа Никитухины. Это говорит о том, что фамилия изначально оформлялась как родовое прозвище, а не как индивидуальное отчество. Если вы встретите вариант Никитухин, это, скорее всего, более поздняя адаптация под общерусскую модель — например, при переезде в центральные губернии или при записи в документах.