Фамилия Никитухин (-а) образована от имени Никитуха, которое является производной формой крестильного мужского имени Никита. Имя Никита пришло в русский язык из греческого языка и означает «победитель». Скорее всего, основатель рода Никитухиных был представителем низшего сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никитуха, со временем получил фамилию Никитухин (-а).