Фамилия Никитухина — женская форма фамилии Никитухин, которая в свою очередь образована от имени Никитуха. Это, в свою очередь, разговорный, обиходный вариант канонического крестильного имени Никита (от греческого «победитель»). В русской народной традиции имена часто переделывали, добавляя ласкательные или просто бытовые суффиксы: Никита превращался в Никитку, Никишу, а в некоторых говорах — в Никитуху. Такой суффикс -ух- (сравните: Петруха, Ванюха, Митюха) характерен для северных и центральных регионов России, где он придавал имени оттенок фамильярности или просто указывал на человека из простонародья, без уничижительного смысла.

Модель образования фамилии Никитухин типична для русской ономастики: к основе Никитух- добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Никитухи»). Такие фамилии на -ин обычно происходят от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Если бы основа кончалась на согласный, мы бы получили фамилию на -ов (как Никитов), но здесь работает правило «а → ин».

Географически фамилия Никитухин (и, соответственно, Никитухина) встречается не повсеместно. Она тяготеет к северо-востоку европейской части России — Вологодской, Архангельской, Кировской областям, а также к Уралу. Это объясняется тем, что диалектная форма Никитуха была распространена именно в этих местах. В южных и западных регионах чаще использовали варианты Никитенко, Никитюк или Никитин.

Сословно носители этой фамилии в большинстве своём были крестьянами или посадскими людьми. Редкая фамилия для дворянства — суффикс -ух- в основе указывает скорее на низовую, деревенскую среду, где прозвища и уменьшительные формы были нормой общения. В документах XVII—XVIII веков можно встретить записи вроде «крестьянин Никитуха Иванов», что и стало зародышем будущей фамилии.

Стоит отметить, что фамилия Никитухина — не путать с Никитиной, которая гораздо массовое и происходит от более распространённой формы Никита. Никитухина — редкая, локальная фамилия, сохранившая в себе живую народную речь и говоры прошлого.