Фамилия Никлагин — редкая и с неочевидной на первый взгляд структурой. Чтобы понять её происхождение, стоит начать с разбора суффикса и модели образования.

В русских фамилиях суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «Никлагин» значит «сын Никлаги» или «человек из рода Никлаги». Основа здесь — «Никлаг-». Это либо прозвище, либо, что вероятнее, искажённая форма имени. В русской ономастике известны фамилии, образованные от крестильных имён через промежуточные прозвищные формы: Никита → Никитка → Никиткин, а параллельно — Никита → Никла (через диалектное произношение или сокращение) → Никлагин. В этом случае суффикс -аг- (-яг-) — характерный для севернорусских и сибирских говоров, где он придавал прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежения (ср. «бедняга», «здоровяга»). Так, «Никлага» могло быть просторечным, даже шутливым именованием человека по имени Никита или Никодим.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с финно-угорскими корнями. В районах Русского Севера, где происходила ассимиляция карельского и вепсского населения, фамилии с окончанием на -ин и основой на -лаг- встречаются: например, от прозвища «Никла» (карельское «nikla» — «хитрый, изворотливый»). Однако для фамилии Никлагин эта версия слабее, так как в русской среде суффикс -аг- более органичен в прозвищной модели, чем в заимствованной.

Географически фамилия Никлагин тяготеет к северо-востоку европейской части России. Единичные записи встречаются в метрических книгах Вологодской и Пермской губерний XIX века. Это подкрепляет версию о происхождении от имени Никита или Никодим, так как в этих регионах были распространены диалектные сокращения имён (Никша, Никла, Никула). Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а не дворянами — фамилии на -ин с прозвищной основой редко встречаются в высших сословиях.

Сравните с однокоренными фамилиями: Никлаев, Никлов, Никлаков. У Никлагина суффикс -ин указывает на прямую патронимическую модель от лица мужского пола (Никлага), тогда как Никлаев — от имени Никлай (также вариант Никиты). Разница в суффиксе может говорить о разных говорах: -ев тяготеет к южнорусским и украинским влияниям, а -ин — к северным. Таким образом, Никлагин — фамилия с чёткой региональной привязкой к северу России, образованная от диалектного прозвища, скорее всего, от имени Никита. Другие гипотезы, например, связь с тюркскими корнями, маловероятны из-за отсутствия соответствующей морфологии в основе.