Фамилия Никодон — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ин или -ский, поэтому сразу понятно: перед нами не крестьянская фамилия, образованная от имени отца по стандартной модели. Скорее всего, это искусственное или семинарское образование.

Самая вероятная версия: фамилия восходит к греческому имени Никодим (Νικόδημος), что значит «победа народа» (от νίκη — победа и δῆμος — народ). В русской традиции имя Никодим давали при крещении, но в быту оно часто сокращалось до Никод, Никодя, а в некоторых говорах — до Никодон. Суффикс -он здесь мог появиться под влиянием южнорусских или украинских диалектов, где подобные окончания встречаются в прозвищах (ср. Гридон, Петрон). Таким образом, Никодон — это неканоническая, народная форма имени Никодим, закрепившаяся как фамилия.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза: фамилия могла возникнуть от прозвища Никодон, связанного с глаголом «никнуть» или «одонье» (кладка снопов). Но это предположение слабое — ни в одном из известных говоров слово «никодон» не зафиксировано в таком значении. Греческое происхождение выглядит убедительнее.

Поскольку фамилия не была широко распространена, её носители — скорее всего, потомки духовенства или горожан. Семинаристы часто получали фамилии по именам святых, в том числе и в изменённой форме. Никодим — имя христианское, упоминаемое в Евангелии (тайный ученик Христа), поэтому его охотно давали при постриге. Фамилия Никодон могла появиться в среде малороссийского или белорусского духовенства, где греческие имена переделывали на местный лад.

Сегодня фамилия встречается точечно, в основном в центральных и южных областях России, а также в Украине. В официальных документах XIX века она почти не фиксируется, что подтверждает её редкость и, вероятно, позднее оформление — не ранее XVIII века.