Фамилия Никодюк образована по распространённой в украинской и белорусской традиции модели с суффиксом -юк. Этот суффикс указывает на «малого» или «потомка»: Никодюк — это сын или ученик человека по имени Никод. Сама основа восходит к каноническому крестильному имени Никодим (греч. Nikodemos — «победа народа»). В просторечии имя часто сокращали до Никод, Никода, и от этой краткой формы и пошла фамилия.

Интересная особенность Никодюка — региональная привязка. Фамилия почти не встречается в центральной России, но относительно частотна на западе Украины, в частности в Волынской и Ровенской областях, а также в приграничных районах Беларуси. Это типичный случай, когда суффикс -юк выдаёт географию происхождения точнее, чем сама основа. Если бы фамилия возникла в русских землях, она звучала бы как Никодимов или Никодин.

В польской ономастике встречается похожая фамилия Никодем (Nikodem), но форма Никодюк — однозначно восточнославянская, украинско-белорусская. В метрических книгах XVIII–XIX веков носители фамилии записывались как крестьяне или мещане, реже — как казаки. Прозвище Никод могло закрепиться и за человеком, который был назван в честь святого Никодима, тайного ученика Христа, почитаемого как в православии, так и в католичестве.

Фамилия не имеет отношения к греческому «никос» (победа) напрямую — она полностью укладывается в стандартную схему: полное имя → сокращение → патроним на -юк. Никаких редких или тёмных корней в ней нет.