Фамилия Никокошин — редкая и броская, сразу привлекающая внимание необычным сочетанием звуков. В ней слышится что-то греческое или южное, но на поверку это исконно русская фамилия, образованная по той же модели, что и многие другие.

Разгадка кроется в основе. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или мирское имя Никокоша. В русских говорах слово «кокоша» или «кокош» имело несколько значений: это и наседка, и курица-наседка, и, в переносном смысле, квочка — заботливая, но суетливая женщина. А частица «ни-» в начале могла быть усилительной или отрицательной, образуя сложные прозвища вроде Несмеян, Некрас, Немил. То есть Никокоша — это буквально «не наседка», «не квочка». Так могли прозвать человека, который, в отличие от домоседов, был непоседлив, любил уходить из дому, или же, напротив, был сухим, неласковым, не проявлял показной заботы. Впрочем, не исключён и более простой вариант: прозвище могли дать по внешнему сходству — например, человеку с необычной, взъерошенной причёской, напоминающей хохолок.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Никокошин, то есть сын или потомок Никокоши. Эта модель типична для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я (Пушкин, Ильин, Кузьмин). Таким образом, предок носителя фамилии был человеком с приметным прозвищем Никокоша.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям России. Встречается она нечасто, и это как раз тот случай, когда редкость фамилии — не признак её искусственного происхождения, а следствие того, что исходное прозвище было узколокальным и не получило широкого распространения. В написании фамилии важно не путать с возможным вариантом Никокошев — обе формы существовали, но Никокошин, скорее всего, первичен, так как основа оканчивается на -а.