Фамилия Нискодубова — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем попытка разобрать слово по частям. Основа «дуб» здесь очевидна, а вот первая часть «ниско-» ставит в тупик. Скорее всего, перед нами не прозвище, а топонимическая фамилия, образованная от названия населённого пункта. В Беларуси и на западе России встречаются деревни с корнем «Дуб» — Дубово, Дубки, Дуброва. Приставка «нис-» (от «низ») могла указывать на расположение: «Нижний Дуб» или «Нижние Дубы». То есть предок носителя фамилии был выходцем из села, которое называлось, к примеру, Нискодубово, Нижнедубово или Нискодубы.

Модель образования фамилии — суффикс -ов, типичный для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?». Суффикс указывает на принадлежность: Нискодубов — сын человека из Нискодубова. Женская форма Нискодубова — это, соответственно, дочь или жена Нискодубова.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище. Если отбросить топонимику, «ниско» можно прочитать как искажённое «низко». Тогда Нискодубов — человек, который «низко дубает», то есть невысоко бьёт или рубит. Но такое толкование натянуто: прозвища обычно строятся по более прозрачным моделям. Кроме того, ударение в фамилии (на второй слог: Нискоду́бова) скорее поддерживает географическую версию, где ударение падает на корень «дуб».

В ономастических источниках фамилия не фигурирует как широко распространённая. Она не встречается в классических словарях (Унбегаун, Никонов), что подтверждает её локальный характер. Сословная принадлежность предков неясна: топонимические фамилии носили и крестьяне, и мещане, и дворяне, получившие фамилию по месту службы или владения. Единственное, что можно сказать с уверенностью: корни фамилии — на западе России или в восточной Беларуси, где «акающее» произношение могло превратить «низко» в «ниска», а затем и в «ниско».