Фамилия Нижняя — редкий случай, когда географическое прозвище застыло в форме прилагательного женского рода. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ов, -ин или -ский, но здесь мы видим субстантивированное прилагательное. Это значит, что слово «Нижняя» само стало фамилией, без добавления суффикса, что указывает на её возможное происхождение из говоров северных или сибирских областей, где подобные бессуффиксные фамилии встречаются чаще.

Скорее всего, основой послужило прозвище по месту жительства: «Нижняя» — человек, живший в нижней части села, в низине, у реки или в нижнем конце улицы. В русских деревнях часто делили поселение на «верхний» и «нижний» конец, и жителей так и называли — «верхние» и «нижние». Со временем такое прозвище закрепилось за родом.

Суффикс -яя — это окончание прилагательного женского рода, и в фамилии оно сохранилось в неизменном виде. Это может говорить о том, что фамилия образована от прозвища матери или жены (вдова Нижняя, дочь Нижняя), либо о том, что она зафиксирована в документах уже в форме прилагательного, без патронимического суффикса. В любом случае, это не типичная «мужская» модель, что делает её особенно интересной для ономастики.

В отличие от фамилии Нижний, которая могла принадлежать человеку из города Нижний Новгород или из нижнего ряда деревни, форма Нижняя чаще встречается у женщин, но как наследственная фамилия могла передаваться и мужчинам. В современных справочниках фамилия Нижняя встречается редко, и её носители сосредоточены в основном в центральных и северных регионах России, а также на Урале.