Фамилия Низкохатая — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, только «обросло» типичным фамильным суффиксом. Это «говорящая» фамилия, которая прямо описывает место жительства или характер постройки.

Корень здесь — «низк-» и «хата». В южнорусских и украинских говорах «хата» — это дом, жилая изба. «Низкая хата» — не просто маленький или приземистый дом. В деревенском быту так могли назвать дом, стоящий в низине, у воды, или землянку, почти утопленную в грунт. Но чаще прозвище Низкохат / Низкохатый давали человеку, который жил в хате с низкой крышей, то есть в бедном, неказистом жилье. В отличие от «высокой хаты» — дома зажиточного крестьянина с высоким потолком и просторными сенями.

Фамилия образована по модели прилагательного с суффиксом -ат-/-ят-, который в восточнославянских фамилиях встречается нечасто. Обычно он указывает на обладание чем-то: бородатый, горбатый. Здесь — «имеющий низкую хату». Окончание -ая — это форма женского рода, типичная для южнорусских и украинских фамилий (например, Безродная, Черноокая). То есть исходная форма — Низкохатый, а Низкохатая — это либо вариант для женщины, либо фамилия, закрепившаяся в женском роде в документах (что бывало при записи вдов или дочерей).

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также бывшие слободские земли. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — от прозвища, данного одному человеку или одной семье.

С социальной точки зрения, прозвище Низкохатый — не дворянское и не купеческое. Оно указывает на крестьянское или казачье происхождение, на человека, который не скрывал своего скромного достатка или даже бедности. В отличие от фамилий, образованных от имени или профессии, Низкохатая сразу даёт портрет быта: невысокий дом под соломенной крышей, в низине, у реки.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Низкохатая стоит особняком. Есть фамилии Низов, Низовцев — они указывают на жителя низовья реки. Есть Хатов, Хатин — от слова «хата». А Низкохатая — спайка двух корней, редкий случай прямой описательной фамилии, которая не потеряла своей прозрачности за столетия.