Фамилия Низомова — женская форма мужской фамилии Низомов. Её основа восходит к арабскому имени Низом (Низам), что в переводе означает «порядок», «устройство», «дисциплина». В мусульманском именослове это имя встречается в разных вариациях, например, Низамуддин — «порядок веры». Таким образом, предок-основатель фамилии мог носить имя Низом, и его потомков стали называть Низомовы — то есть «дети Низома».

Словообразовательная модель здесь простая: к основе имени Низом добавляется русский патронимический суффикс -ов. Такая модель характерна для фамилий, которые возникли в среде, где русская администрация или церковь фиксировали людей по отцу, добавляя окончание, указывающее на принадлежность. Если бы фамилия образовывалась от прозвища, суффикс мог бы быть иным, но здесь мы имеем дело с прямым патронимом от личного имени.

Географически фамилия Низомова чаще всего встречается в регионах с традиционно мусульманским населением: в Татарстане, Башкортостане, а также в Средней Азии — Узбекистане, Таджикистане. Это объясняется распространением арабского имени Низом среди тюркских и иранских народов. В русских документах фамилия могла появиться при переписях или выдаче паспортов в XIX–XX веках, когда фиксировали отчество в качестве фамилии.

В редких случаях нельзя исключать и другую версию: основой могло стать тюркское слово «нызым» или «низом» в значении «строй», «лад», но это скорее исключение. Основная и наиболее правдоподобная гипотеза — происхождение от арабского имени Низом, что подтверждается и типичной для восточных имен фамильной моделью.